Njegovo papeževanje je bilo zaznamovano s poudarkom na »cerkvi za uboge«. Bil je glas tistih na obrobju – migrantov, revnih, marginaliziranih. Njegovo prvo potovanje izven Rima je bila pot na otok Lampedusa julija 2013, kjer je objokoval usodo beguncev in obsodil »globalizacijo brezbrižnosti«. Migrantom je posvetil posebno pozornost, videl jih je kot protagoniste eksodusa, za katerega mora človeštvo prevzeti odgovornost, in sanjal o Evropi, ki jih sprejema kot brate. Ustanovil je dikasterij za služenje celostnemu človeškemu razvoju, pri čemer je osebno prevzel odgovornost za področje migrantov.
Frančišek je bil vedno bolj pastir kot teolog. Njegova vizija cerkve je bila, kot opisujejo nekateri komentatorji, da bi cerkev delovala kot »poljska bolnišnica«, ki sprejema ranjene, ne pa kot institucija, zaprta vase, ali kot nekakšen center dobrega počutja. Kritiziral je klerikalizem in si prizadeval za bolj sinodalno cerkev, kjer se sliši glas božjega ljudstva.
Cerkev odprtih vrat
Oživil je sinodo škofov, jo odprl širšim razpravam o vprašanjih, kot so družina, mladi in usoda Amazonije. Njegov zadnji velik napor je bil poskus uvedbe nove metode poslušanja v cerkvi. Vendar so njegova prizadevanja za reforme, zlasti glede možnosti obhajila za ločene in ponovno poročene (v spodbudi Amoris Laetitia) ter odprtosti do oseb skupnosti LGBTQ+ (bržkone v skladu s slovitim vprašanjem »Kdo sem jaz, da bi sodil?«), in poziv k cerkvi odprtih vrat za vse naleteli na močan odpor konservativnih krogov, ki so mu očitali nejasnost, povzročanje zmede in celo herezijo.
Frančišek se je lotil reforme rimske kurije, ki jo je sam kritiziral zaradi »duhovnega Alzheimerja«. Po devetih letih je leta 2022 objavil apostolsko konstitucijo Praedicate Evangelium, ki evangelizacijo postavlja v središče in reorganizira vatikanske urade. Prav tako je ženske imenoval na nekatere vodilne položaje. Lotil se je reforme vatikanskih financ in zaostril boj proti spolnim zlorabam v cerkvi, pri čemer je leta 2019 sklical vrh škofov in zahteval jasne smernice. Kljub temu so kritiki opozarjali na nedoslednosti in počasnost pri ukrepanju proti odgovornim škofom.
Zavzemanje za mir
Njegov pontifikat je bil izrazito globalen. Obiskal je 67 držav. Bil je prvi papež, ki je deset let sobival s predhodnikom, upokojenim Benediktom XVI. Srečal se je z ruskim pravoslavnim patriarhom Kirilom in podpisal zgodovinski sporazum s Kitajsko o imenovanju škofov, s čimer je poskušal premostiti razkol med »uradno« in »podzemno« cerkvijo. Njegova okoljska enciklika Laudato Si' iz leta 2015 je postala mejnik, ki poziva k »celostni ekologiji«, povezuje skrb za okolje s socialno pravičnostjo in kritizira »ekonomijo, ki ubija«. S tem je prelomil s tradicionalnim antropocentrizmom in rehabilitiral misel jezuita Teilharda de Chardina, kar pa je sprožilo tudi očitke o panteizmu, zlasti ob kontroverzah, kot je bila tista s kipci Pachamame med amazonsko sinodo.
Zavzemal se je za mir, obsodil je trgovino z orožjem in opozarjal na nevarnosti »tretje svetovne vojne po delcih« ter umetne inteligence v vojskovanju.
Frančišek je bil torej papež kontrastov: Argentinec s peronističnimi koreninami, ki je kritiziral kapitalizem, vendar je hkrati vzdrževal diplomatske odnose; jezuit, ki je v mladosti zbolel, vendar je ohranil izjemno energijo; voditelj, ki je spodbujal odprtost in dialog, vendar je znal biti tudi avtoritativen in odločen; človek preprostih gest, toda tudi ostrih besed. Ni se bal prositi za odpuščanje, kot v primeru zlorab domorodnih otrok v Kanadi. Svojo vizijo cerkve je primerjal s poliedrom, geometrijskim telesom, omejenim z mnogokotniki, kjer različni deli ohranjajo svojo originalnost, v nasprotju s kroglo, kjer je vse enako oddaljeno od centra. Poudarjal je, da cerkev ni nevladna organizacija, temveč mysterium lunae, ki odseva Kristusovo luč (tako kot Luna odseva svetlobo sonca – od tod ta izraz).
Geslo, ki ga je pogosto namenjal mladim, je bilo: »Bodite hrupni!« (Hagan lío!) In tudi sam je bil nedvomno hrupen, v pozitivnem smislu. Analitiki ocenjujejo, da za seboj pušča cerkev, ki je bolj globalna, bolj osredotočena na socialna vprašanja in obrobja, vendar je hkrati tudi bolj polarizirana.