Usoda ga je takrat povezala z vzpenjajočim se politikom Borisom Jelcinom, v zgodnjih devetdesetih letih prejšnjega stoletja pa ga je val epohalnih turbulenc potisnil v orbito Kremlja. Bil je tudi v ekipi, ki je leta 1995 izvedla ključne volitve za Jelcina in preprečila oživitev retrogradnega boljševizma. Še najbolj pa je njegova zvezda zasijala leta 2000, ko je njegov Sklad za učinkovito politiko prevzel vodenje prve Putinove predsedniške kampanje. Iz popolnoma neznanega, neosebnega in nekarizmatičnega drugorazrednega KGB-jevca je naredil aktivnega, mladega in »mačo« predsednika. Drugi Putinov mandat leta 2004 je bil za politologa Pavlovskega zgolj rutina. Vse skupaj se je zalomilo, ko je nasprotoval Putinu, da bi tretjič kandidiral za predsednika, potem ko je, kot se je izkazalo, njegov prestol štiri leta varoval Dmitrij Medvedjev. Pavlovski je namreč predlagal, da bi Medvedjev ostal na funkciji še en mandat, a Putin tega ni želel. Putin je bil takrat že tako močan, da Pavlovskega v tretjem mandatu ni več potreboval. Celo več, Pavlovski je postal s svojim liberalnim nagajanjem moteč, zato je bil prisiljen zapustiti Kremelj, a je ostal eden glavnih analitikov kremeljskega dogajanja in postopoma tudi kritik režima, ki ga je sam oblikoval.