Z njegovo smrtjo se je končalo dolgotrajno sojenje na Mednarodnem sodišču za vojne zločine na območju nekdanje Jugoslavije. Obtožen je bil za vojne zločine, vključno z genocidom in zločini proti človeštvu v Bosni, na Hrvaškem in Kosovu.
Le tri dni pred smrtjo, 8. marca 2006, je Milošević pisal takratnemu ruskemu zunanjemu ministru Sergeju Lavrovu in trdil, da mu v Haagu ni bilo omogočeno ustrezno zdravljenje ter da mu namerno uničujejo zdravje. Trdil je tudi, da ga v Haagu zastrupljajo, kar naj bi dokazovali izvidi krvnih preiskav, opravljeni dan prej. Po Miloševićevih besedah so ti izvidi pokazali prisotnost izjemno močnega zdravila, namenjenega zdravljenju gobavosti in tuberkuloze, ki ga sam ni jemal.
Tudi Miloševićev odvetnik Zdenko Tomanović je potrdil, da mu je Milošević dan pred smrtjo povedal, da sumi, da ga v Haagu zastrupljajo s sumljivimi zdravili. Zato je Tomanović zahteval, da obdukcijo opravijo v Moskvi, vendar je Haag njegovo zahtevo zavrnil. V uradnem poročilu so ugotovili, da je Milošević umrl med 7:30 in 8:00 zjutraj naravne smrti zaradi srčnega infarkta. Toksikološka analiza je v njegovem telesu pokazala sledi zdravil za zniževanje krvnega tlaka, ki so mu bila predpisana, pa tudi nekaterih drugih zdravil, večinoma pomirjeval, ki jih je jemal na lastno pest. V poročilu je zapisano, da v njegovem telesu niso našli nobenega strupa in da ni bilo znakov nasilja.
