Cerkev je skozi stoletja na različne načine interpretirala biblijske zgodbe, ki se tako ali drugače dotikajo homoseksualnosti. To omogoča že sama Biblija, ki odpira prostor za različne interpretacije in s tem za "prilagajanje" institucije "duhu časa". Dejstvo je, da Biblija samih istospolnih nagnjenj ne obsoja, obsoja pa vse telesne spolne odnose, ki niso namenjeni prokreaciji. Tako v Stari zavezi recimo ne zasledimo prepovedi spolnih odnosov med ženskama, prepovedani pa so med moškimi, kar pa ni enako obsodbi homoseksualnosti. Sledeč tej paradigmi je Cerkev v srednjem veku ločevala med seksualno aktivnostjo med moškima, ki je bila prepovedana, in življenjsko skupnostjo dveh moških, torej poroko, ki je bila dovoljena. Homoseksualne prakse in poroke so dosegle vrhunec v 12. stoletju. V 16. stoletju je homoseksualnost postala glavni razlog za obtožbe čarovništva. Zakonik Karla V. iz leta 1532 je določal smrtno kazen tako za ženske kot moške, ki se predajajo homoerotičnim seksualnim užitkom. Leta 1560 je Cerkev razglasila, da je namen zakonske zveze zgolj rojevanje otrok, spolnost pa je prekleta. Homofobija kot pojav se je razbohotila z nastankom meščanstva in nuklearne družine v 19. stoletju. Še močnejši udar homofobije pa se zgodi v 20. stoletju.

Od leta 1975 Cerkev priznava, "da so nekateri posamezniki ‘po naravi’ homoseksualni, in ločuje med tistimi, ki homoseksualnost pridobijo, ter tistimi, ki so z njo rojeni. Takšno razlikovanje nima nobene znanstvene podlage - znanost za zdaj ni dala dokončnega odgovora na to vprašanje in v smislu spoštovanja človekovih pravic odgovor niti ni pomemben," pravi doktor Roman Kuhar, aktivist, predavatelj na Filozofski fakulteti in sourednik revije Narobe. "Za rimskokatoliško cerkev homoseksualnost v nobenem primeru ni sprejemljiva, saj uči, da jo mora posameznik vzeti kot ‘križ’, ki ga nosi skozi življenje. Sama homoseksualnost torej ni grešna, grešna pa je materializacija homoseksualnosti, udejanjene spolne usmerjenosti v spolnem dejanju."

V tem smislu se v imenu vere izvajajo tudi tako imenovana "zdravljenja" homoseksualcev. "Predvsem v Ameriki, a tudi drugod, se je v zadnjem času razširilo tako imenovano eks-gej gibanje, ki je tesno povezano s cerkvijo - ne nujno RKC -, ki poskuša zdraviti homoseksualnost z različnimi reparativnimi terapijami. Tisti, ki jim je uspelo pobegniti iz teh taborov, poročajo o grozljivih načinih zdravljenja, ki praviloma niso uspešni. Nekatere cerkve torej ne samo uničujejo življenja ljudi, pač pa na ta račun tudi mastno služijo," je poudaril Kuhar.

Pri nas je cerkev po ustavi seveda ločena od države, pa vendar: "Težava nastopi, ker se Cerkev, ki je ločena od države, vtika v njene posle in poskuša uravnavati na primer politiko zakonskega urejanja istospolnih partnerskih zvez... Ampak - zakaj so predstavniki cerkve relevantni sogovorniki, ko je tema homoseksualnost? Mar nas ne bi moral zanimati zgolj 14. člen ustave, ki govori o enakosti pred zakonom ne glede na osebne okoliščine, torej tudi spolno usmerjenost?"

Kot lep primer, da je kljub močni tradiciji vendarle mogoče stvari racionalno urediti, lahko navedemo Španijo. Ta je kljub Francovi diktaturi (od 1936 do 1975), ki je zatirala homoseksualce (kot je nasilna Lorcova smrt leta 1936), in močni katoliški tradiciji od leta 2005 ena od petih držav na svetu, ki so legalizirale poroke med homoseksualci. Uzakonila je napredne zakone, ki zadevajo skupnost LGBT, kot je posvojitev otrok ali sprememba spola. Posledično se je sprostilo tudi vzdušje, saj so se v španski družbi začeli procesi javnega izrekanja seksualne usmerjenosti. O tem so spregovorile osebnosti z različnih področij družbenega delovanja: od filma (spomnimo se samo Almodovarjevih filmov, ki izpostavljajo različnost) prek vojske, sodstva, literarnih in glasbenih krogov pa vse do duhovništva. O takšni sproščenosti v slovenski družbi ne moremo govoriti, če odštejemo Sestre, Salome in ozek krog aktivistov in aktivistk, ki se borijo za pravice istospolno usmerjenih. O tem, da bi se katera od slovenskih javnih osebnosti, od politikov, umetnikov do estradnikov itd., v javnem prostoru izrekla, da pripada eni od seksualnih manjšin, ni sledu.

Cerkev naj bi bila po biblijskem izročilu na strani zatiranih, torej tistih, ki potrebujejo upanje. Kljub temu so prepričanja cerkvenega občestva na Slovenskem blizu politični desnici, ki se diči s skrajno konservativnimi stališči do drugačnih. Pri tem napredni del slovenske družbe še vedno čaka na izpostavitev naprednih umov znotraj slovenske Cerkve, ko si bodo duhovniki in predstavniki višjih cerkvenih krogov upali priti na dan z naprednimi stališči do seksualne problematike, saj je (naj bi bila) za Cerkev odločilna vera, ne pa osebna nagnjenja.

Predvsem bi si morala Cerkev priznati, da je - iz takšnih ali drugačnih razlogov - v veliki meri zatočišče za spolno "drugače" usmerjene. Kjer se spolnost zanika (natančneje povedano spregleduje), se ustvarja prostor za drugačno izražanje seksualnosti, saj ima seksualnost, kot je ugotovil že Freud, raznolike odvode. Kar ni nič posebnega, dokler ta "drugačnost" ne zaide na polje pedofilije ali spolnega izkoriščanja (spomnimo se zadnje študije, ki jo je naročila irska vlada, v kateri so ugotovili "endemično" fizično trpinčenje in spolno izkoriščanje otrok v institucijah pod cerkvenim nadzorom). Cerkev bi do seksualnosti končno vendarle morala vzpostaviti zdrav, normalen odnos: jo najprej priznati kot integralni del človeškega bitja, nato redefinirati stališča in ozavestiti, da je bila, je in bo s svojo zaprto institucionalno strukturo prav sama veliko zatočišče za sprejemljivo drugačne, pa tudi nesprejemljivo drugačne. In prve razumeti v skladu s svojim poslanstvom, zaznamovanim z globino ljubezni in razumevanja, druge pa predati državi, da sankcionira njihove zlorabe nedolžnih. Nadzor nad telesi in njihovo seksualnostjo daje Cerkvi ogromno moč, ki jo ta institucija potrebuje za preživetje, o čemer je pisal že Foucault. Sama moč pa je tudi vir naslade, kar pomeni, da gre tudi pri tistih posameznikih, ki so spolno vzdržni in niso zašli v deviantno spolnost, torej zlorabljanje nemočnih, v bistvu zgolj za transfer libidalne energije, ne pa sublimacijo, ki vodi v vertikalo.