Vrhunec njene strankarske politične kariere sta bila dva petletna mandata evropske poslanke. Prvič je bila za evropsko poslanko na listi SDS izvoljena leta 2004, mandat pa je ponovila leta 2009.

Po poročanju Dela je Romana Jordan v nasprotju z večino drugih evropskih poslancev stranke SDS pripadala zmernemu desnosredinskemu toku v Evropski ljudski stranki, kar jo je pri številnih temah privedlo v konflikt s predsednikom stranke Janezom Janšo.

Vodstvu stranke je očitala, da se je od socialnih tem preveč odmaknilo k ideološkim. Nekaj let po drugem mandatu evropske poslanke je odmevno izstopila iz izvršnega odbora stranke, a kljub temu ostala v SDS.