Kot so za STA zapisali na ministrstvu, so v javnih pismih na slabo vodenje opozarjali zaposleni in organi zavoda, pozvali so tudi k razrešitvi. Tudi v tem mandatu je ministrstvo prejelo več opozoril o posamičnih težavah pri sodelovanju z umetniki in realizaciji programa ter o slabih odnosih med vodstvom in zaposlenimi. Zaradi tega se je ministrica Asta Vrečko z Vaupotičem tudi sestala.
Na ministrstvu zatrjujejo, da so z javnim zavodom v redni komunikaciji, saj je ministrstvo v imenu ustanovitelja dolžno skrbeti za delovanje javnih zavodov s področja kulture. Na vodstvo javnega zavoda je ministrstvo od konca lanskega leta naslovilo več dopisov z vprašanji glede razstavne dejavnosti, finančnega poslovanja javnega zavoda ter zaposlovanja v javnem zavodu.
Pojasnili so, da sta v zadnjem času ministrstvo na slabo vodenje javnega zavoda ponovno opozorila strokovni svet in svet zavoda. Vodenje direktorja Vaupotiča sta v uradnih dopisih, ki sta jih v skladu s svojimi nalogami posredovala na ministrstvo za kulturo, ocenila kot »strokovno nekompetentno, negospodarno in netransparentno, kar se odraža tudi v neizvajanju načrtovanega programa, izpostavljen je bil tudi neprimeren odnos do zaposlenih«.
Strokovni svet in svet javnega zavoda zaradi »neusklajenosti, napak in pomanjkljivosti« nista potrdila letnega poročila Moderne galerije za leto 2022, prav tako nista potrdila programa dela in finančnega načrta za leto 2023, »saj ni usklajen z odločbo ministrstva«. Zato se skladno s predpisi zakona o izvrševanju proračuna od aprila 2023 Moderna galerija začasno financira le 80-odstotno, so zapisali na ministrstvu.
Kot so še zapisali, se je ministrstvo v primeru zaznanih nepravilnosti kot predstavnik ustanovitelja dolžno odzvati in v primeru ugotovljenih razlogov za razrešitev direktorja ustrezno ukrepati. Na podlagi dolgotrajnih preverjanj in ugotovitev o slabem vodenju ter ob upoštevanju določil sklepa o ustanovitvi Moderne galerije se je tako odločilo začeti postopek za predčasno razrešitev Vaupotiča z mesta direktorja Moderne galerije. Vaupotiča je v uradnem postopku seznanilo z razlogi za razrešitev ter ga pozvalo, da se o njih opredeli. Pridobilo bo tudi predhodno mnenje sveta in strokovnega sveta javnega zavoda.
Vaupotič je za STA že sredi aprila na novinarsko vprašanje zakaj po njegovem mnenju tako letno poročilo za lani kot program dela in finančni načrt za letos nista dobila soglasja sveta javnega zavoda, zapisal, da se »kot direktor trudi z ustreznim seznanjanjem članov, osebno pa to pripisuje spremembam v njegovi sestavi – povezano s spremembo sklepa o ustanovitvi«.
Kot je še zapisal, vse do potrditve programa poteka financiranje v višini 80 odstotkov realiziranih izdatkov, ki so bili financirani iz proračuna preteklega leta, v nekaterih delih pa so uporabili financiranje iz nejavnih virov.
Predsednica sveta Moderne galerije Urška Jurman pa je že konec marca za STA zapisala, da svet zavoda poročila za leto 2022 ni potrdil, ker je to »nedosledno, pomanjkljivo, z napakami in mestoma zavajajoče«. Kot je še zapisala, so »zaradi več nejasnosti pri porabi javnih sredstev, ki nakazujejo negospodarno rabo javnih sredstev«, ustanovitelju predlagali tudi izvedbo revizije finančnega poslovanja javnega zavoda za leto 2022.
O programu, h kateremu svet zavoda prav tako ni dal soglasja, pa je zapisala, da je »pomanjkljiv, še ni usklajen z odločbami ustanovitelja ter zbuja skrb o zagotavljanju poslanstva javnega zavoda«.