Poklukarjeva izjava v državnem zboru je bila nekoliko nenavadna. NPU, ki je zaživel s prvim januarjem 2010, ob svoji ustanovitvi namreč niti ni imel posebne zakonske podlage, temveč se je sprva vzpostavil le na podlagi spremembe akta o notranji organizaciji, sistemizaciji, delovnih mestih in nazivih v policiji. Šele spomladi istega leta je državni zbor nato sprejel dopolnitev tedanjega zakona o policiji, s katero je začelo veljati, da je NPU strokovno in operativno avtonomen, hkrati pa je v policijo kot specializirana enota organizacijsko umeščen znotraj uprave kriminalistične policije na generalni policijski upravi. Po tedanji zakonodaji iz časa notranje ministrice Katarine Kresal je bil generalni direktor policije pri imenovanju ali razrešitvi direktorja NPU vezan na mnenje strokovne komisije, direktor NPU pa je lahko določil, katere preiskave bo prevzel NPU.
Poklukar nadaljeval
delo Györkös-Žnidarjeve
Že leta 2013 je pod notranjim ministrom Vinkom Gorenakom zakon o policiji nadomestil povsem nov zakon o organiziranosti in delu v policiji. V njem se je dikcija glede NPU nekoliko spremenila, še vedno pa je ostal del kriminalistične policije na generalni policijski upravi in avtonomen pri izvajanju svojih nalog. Ključna sprememba zakonske podlage za delovanje NPU se je tedaj nanašala na prevzem zadev, saj je zakon predvidel, da jih z internim aktom na predlog direktorja NPU predpiše generalni direktor policije. Prav tako je slednji direktorja NPU lahko imenoval ali razrešil že zgolj po splošnih predpisih, ki veljajo za javne uslužbence. Kritiki so zato v tedanji spremembi vendarle videli zmanjševanje realne avtonomnosti NPU.
Med letoma 2018 in 2020, ko je notranje ministrstvo vodil Poklukar, zakonske podlage za delovanje NPU niso spreminjali, je pa tudi Poklukar z usmeritvami in obveznimi navodili v letu 2018 od generalnega direktorja policije Simona Veličkega zahteval, naj nadaljuje ukrepe preoblikovanja dela NPU, ki so jih začeli že prej, pod notranjo ministrico Vesno Györkös Žnidar. Cilj je bil vzpostavitev organizacijskega položaja NPU, ki bo ustrezal statusu notranjeorganizacijske enote kriminalistične policije. Leto pozneje je, po izvedenem nadzoru na NPU, Poklukar tudi generalni direktorici policije Tatjani Bobnar dal usmeritve, naj akt o notranji organizaciji v policiji v delu, ki se nanaša na odgovornost direktorja NPU, spremeni tako, da »se bo uresničila organizacijska umeščenost NPU v upravo kriminalistične policije«. Že praktično od začetka delovanja NPU so se namreč pojavljale dileme, ali je direktor NPU odgovoren zgolj generalnemu direktorju policije ali pa (in v kolikšni meri) tudi direktorju uprave kriminalistične policije. Poklukarjeva tedanja navodila so bila v smeri podrejenosti direktorja NPU direktorju uprave kriminalistične policije, tudi na račun njegove avtonomnosti.
Hojsova intervencija že razveljavljena
V zakonsko podlago je nato šele leta 2021 poseglo notranje ministrstvo pod vodstvom Aleša Hojsa, ki je zožilo definicijo avtonomnosti NPU le na odkrivanje in preiskovanje kaznivih dejanj. Hojs je hkrati uvedel novost, da lahko tudi direktor kriminalistične policije predlaga, katera kazniva dejanja naj preiskuje NPU. Avtonomnost NPU in njegovega vodje se je s tem še nekoliko zmanjšala, vendar je Hojsovo spremembo že poleti odpravil zakon za zmanjšanje neenakosti in škodljivih posegov politike ter zagotavljanje spoštovanja pravne države, ki ga je v državni zbor vložila civilna družba.
Na notranjem ministrstvu so lani jeseni, ko je resor še vodila Tatjana Bobnar, napovedali, da nameravajo spremeniti postopek imenovanja in razreševanja tako direktorja NPU kot tudi generalnega direktorja policije.
