Ker ne funkcija mestnega arhitekta ne funkcija mestnega urbanista, kakor se je Janez Koželj včasih predstavil, nista predvideni v zakonodaji, je treba ta izraza jemati z rezervo. Formalno je bil Koželj dobrih 16 let v Ljubljani podžupan, ki mu je župan Zoran Janković zaupal področje urbanizma (čeprav je morda ta izraz nekoliko preozek), kot je na primer podžupanu Alešu Čerinu zaupal kadrovsko in pravno področje ter urejanje odnosov z državo in odnosov v mestnem svetu. Pristojnosti obeh podžupanov na teh dveh področjih niso bile v zakonodaji nikjer določene, njun vpliv pa je bil tako velik, kolikor sta imela posluha zanju župan in njegova lista.
A Koželjeva vloga je bila na ljubljanski občini ne glede na te formalne podrobnosti vseskozi pomembna in se je precej približala vlogi, ki jo imajo mestni arhitekti tam, kjer je ta funkcija tudi zakonsko določena. Sploh v prvem mandatu je bil njegov doprinos k razvoju Ljubljane ključen, saj so takrat nastali glavni strateški dokumenti, po katerih se je mesto razvijalo ne samo v vseh teh letih, temveč se bo verjetno še vsaj naslednji mandat. Ključno je bilo verjetno leto 2007, ko je že po nekaj mesecih na občini skupaj z ekipo sodelavcev in zunanjih strokovnjakov začrtal vizijo razvoja Ljubljane do leta 2025, ki se še danes bere zelo sveže in sodobno, sploh če pomislimo, da je nastala pred 16 leti. Čeprav je v odstavku ali dveh težko zaobjeti vse poudarke vizije, velja posebej izpostaviti začrtan trajnostni razvoj mesta.
Gradnja mesta na prazninah
V viziji so poudarili pomen parkov, ki naj bi bili tesno povezani z mestom v sklenjen krajinski sistem, kjer bi sobivala narava in mesto. »Poleg tega temelji sonaravno urejanje mesta tudi na predpostavki o mestni prenovi in trajnostni gradnji, kjer se povezujeta varovalno in razvojno načelo predvsem v smislu varčevanja z vsemi vrstami virov, še posebej s prostorom,« je takrat izpostavil Koželj. Varčevanje s prostorom je verjetno najbolj zanimiv poudarek, saj je s to usmeritvijo povezana tudi vrsta kritik na njegov račun. Prepričan je namreč, da je treba mesto razvijati navznoter, ga prenavljati, ne pa širiti navzven proti robovom in ga tako prazniti s preseljevanjem prebivalcev na kmetijska zemljišča zunaj mesta. »Naj zveni še tako nepopularno, vendar moramo nehati mesto in vas razprševati ter ju začeti spet strnjevati. Strnjevanje pomeni gradnjo mesta na prazninah, na neizkoriščenih ali premalo izkoriščenih lokacijah tudi znotraj stanovanjskih sosesk, predvsem tistih, ki niso bile zgrajene do konca, nadalje znotraj starega mesta, s prenovo na različne načine degradiranih in zapuščenih območij, ki jih je še vedno sorazmerno veliko vsepovsod po mestu,« je opozoril leta 2007. Morda so kje stvari ušle iz rok, a če danes preberemo vizijo iz leta 2007, je jasno, da se je mesto pretežno razvijalo v tej smeri in ne brez koncepta in vizije, kakor Koželju očitajo kritiki.
Kritike na njegov račun so bile posebej v zadnjem mandatu ostre in čeprav so bolj kot ne prihajale od peščice stanovskih kolegov, so zato, ker ga po drugi strani v javnosti ni zagovarjal skoraj nihče, obstale kot edina ocena njegovih dosežkov mestnega urbanista. Ker so kritike šle tako daleč, da so mu očitali, da je mesto grše kot pred njegovim prevzemom funkcije in da se v njem slabše živi, v nadaljevanju izpostavljamo nekaj njegovih dosežkov in nekaj napak, ki bi jih morebiti lahko popravil njegov naslednik.