Pri številnih poznavalcih področja pa se ravno zato porajajo vprašanja glede težko pričakovanih sprememb in sveže energije, ki jih današnji šolski sistem nujno potrebuje. Ob reševanju perečih izzivov, ki potapljajo javno šolstvo, bo moral Logaj ob prevzemu funkcije šolskega ministra v precej kislo jabolko zagristi tudi zaradi ostrih kritik nasprotnikov, ki jih ima v šolskem polju. To so med drugim nakazali očitki nekaterih zaposlenih na ministrstvu za vzgojo in izobraževanje (MVI), ki so leteli na preteklo sodelovanje z Logajem v vlogi direktorja ZRSŠ.
Poleg nazadnjaškega vodenja in samovoljnega usmerjanja razvojnih projektov so Logaju očitali malomarno gospodarjenje z denarjem in nepotizem pri kadrovanju ter neustrezen in neučinkovit razvoj ZRSŠ. Logaj je omenjene očitke, ki so včeraj med nekaterimi člani odbora dvignili precej prahu, označil za neresnice.
Poudaril je, da se ni na mestu direktorja ZRSŠ nikoli obnašal kot politik, ampak je zavod vselej vodil strokovno in v skladu z doktrino. Dejal je, da si želi, da bi lahko kot šolski minister z večino zaposlenih na MVI nadaljeval delo in uresničeval zastavljene projekte, dejstvo pa je, da bo imel za to – ob uporniškem delovanju nekaterih sodelavcev – le osemnajst mesecev časa do zaključka svojega mandata.